Barwa moczu zależy od jego zagęszczenia, zawartości produktów przemiany metabolicznej, barwników egzogennych oraz przyjmowanych leków.

Fizjologicznym barwnikiem moczu jest urochrom, dający zabarwienie żółte o różnych odcieniach w zależności od stopnia zagęszczenia moczu. Mocz z nocy jest zazwyczaj bardziej zagęszczony i przybiera kolor bardziej intensywny.

W stanach chorobowych mocz wykazuje różne zabarwienie zależnie od zawartości składników fizjologicznych i niefizjologicznych w tym szczególnie leków.

Zabarwienie mlecznobiałe lub zmętnienie moczu:

• leukocyturia - obecność krwinek białych
• chyluria - obecność ciał tłuszczowych
• domieszka wydzieliny gruczołu krokowego oraz nasienia
• obecność bakterii

Zabarwienie zielononiebieskie:

• bilirubina
• witamina B2
• zakażenie pałeczką ropy błekitnej
• amitryptylina
• tramteren
• błękit metylenowy

Zabarwienie różowo-czerwonawo-fioletowe:

• pofiryny - przy dłuższym staniu mocz ciemnieje
• moczany bezpostaciowe
• leki - rifampicyna, antypiryna, fenytoina, azatiopryna, nefrecyl, desferoksamina
• barwnik czerwonych buraków, papryki, czrnych jagó
• dronoustroje - Serratia
• erytrocyty
• hemoglobina
• mioglobina

Zabarwienie czerwonawo-brunatnawo-czarne:

• barwniki żółciowe
• melanina - mocz ciemnieje przy dłuższym staniu
• kwas homogentyzynowy - mocz ciemnieje przy dłuższym staniu
• leki - metyldopa, lewodopa, fenotiazyny, fenacetya, salicylany, nitrofurantoina, metronidazol, chlorochina,
• erytrocyty
• hemoglobina
• mioglobina
• po zatruciach fenolem